アルバイト、そしてパートタイマーなどの立場に比べれば、システムエンジニアは正社員の方がやはり安定します。
他の職業と同じことが言えますが、正社員にならなければシステム管理上任せてもらえないような仕事も出てきたりするので、やりがいに関しても正社員の方が上でしょう。

もちろん、正社員になれば年収も増えるので、生活が安定します。
ただ、生活が安定するとはいえ、クライアントや会社から任せる仕事の量が増えたり、責任も増えたりもするので、そこは覚悟しておきたいところです。
システムエンジニアは他の業種に比べても非常に多くの収入が期待できる職業なので、正社員になることで仕事が増えるのは仕方のない話です。
例えば、特定のクライアントから任されている業務用アプリケーション等の納期が迫っている場合、意地でもその納期に合わせる必要があります。
クレームに発展してしまうので、当然と言えば当然です。

ただ、会社の中で仲間たちと連携できますし、その納期に間に合わせるプロセスに関しては、本当に心からやりがいを感じられるでしょう。
これに関しては、深くまで関わることができる正社員ならではの特典といえます。
会社からも、そしてクライアントからも言われることが多いものの、仲間たちと乗り越えることができれば、モチベーションを下げる事はないでしょう。

そのため、エンジニアとして会社で正社員として働く場合、年収が安定するかどうかだけではなく、環境が魅力的かどうかも注目する必要があります。